Ngoài các nội dung quy định cơ bản liên quan tới nguyên tắc tổ chức quản lý; bộ máy quản lý; nguyên tắc và điều kiện hoạt động của Ban chủ nhiệm; nhiệm vụ của các cơ quan, đơn vị quản lý Chương trình; Quy chế quy định rất cụ thể về trình tự, thủ tục xây dựng và thực hiện nhiệm vụ Chương trình, bao gồm: tổ chức xác định nhiệm vụ; tuyển chọn, xét chọn tổ chức và cá nhân chủ trì nhiệm vụ; ký kết họp đồng thực hiện với tổ chức chủ trì; kiểm tra, giám sát quá trình thực hiện; tổ chức đánh giá nghiệm thu, công bố và bàn giao kết quả, sản phẩm của nhiệm vụ sau khi kết thúc, tổ chức và triển khai các hoạt động hợp tác với các đối tác trong nước và nước ngoài phục vụ triển khai các nội dung của Chương trình.